Panitia Persiapan Perencana Pendirian Universitas dibentuk pada tanggal 21 September 1960, sebagai tindak lanjut dari ide untuk mendirikan universitas. Ide ini telah tercetus sejak tahun 1956, dan baru kemudian dihembuskan kembali pada tahun 1960, setelah drg. Tan Tjiauw Yong dan drg. Tan Gie Djien, bertemu dengan Brigjen. Prof. Dr. Moestopo dalam Kongres Persatuan Dokter Gigi di Bandung. Brigjen. Prof. Dr. Moestopo yang telah mendirikan Perguruan Tinggi Swasta di Jakarta, memberikan nasihat dan menyarankan agar secepatnya mendirikan universitas Kristen di Surabaya.

Dengan beranggotakan drg. Tan Tjiauw Yong, Gouw Loe Liong, drg. Tan Gie Djien, Tjoa Siok Tjoen, Lie Ping Lioe, dan Kwee Djien Kian, panitia inilah yang kemudian bertugas untuk mempersiapkan segala sesuatu bagi pendirian Perguruan Tinggi Kristen (PTK), baik dosen, kampus, perkuliahan, dan sebagainya.

Awalnya, pada tanggal 28 September 1961, dibentuk Directorium Urusan Universitas (DUU) yang terdiri atas drg. Tan Tjiauw Yong, Ir. O.F Patty, dr. Mesach Wigjohoesodo, Gouw Loe Liong, dan J.A. Sereh, yang bertugas untuk melanjutkan pertumbuhan Fakultas Sastra Jurusan Bahasa Inggris. Selain itu, DUU juga mengurus keuangan Universitas Kristen Petra. Dalam perkembangannya, tugas DUU semakin berat, sehingga kemudian, pada tanggal 18 Juli 1964, dibentuklah Panitia Pendiri Yayasan Urusan Universitas, yang terdiri atas Jacob Elfinus Sahetapy, S.H., Dokter Tan Tjiauw Yong, Dokter Mesach Wigjohoesodo, Kho Hong Pie, Raden Mas Soekardjo Kertonadi, dan Piet Hein Saroinsong.

Tanggal 7 Januari 1965, Panitia Pembentuk Yayasan yang ditunjuk dan diangkat oleh dan dalam rapat umum dari anggota PPPK Petra tersebut, menghadap Notaris Mr. Oe Siang Djie.

Terbentuknya YPTK Petra menandai awal kemandirian Universitas Kristen Petra, yang mempunyai lembaga kepengurusannya sendiri, yang terpisah secara yuridis dari PPPK Petra.

Dalam perjalanannya, terjadi sinergi yang sangat baik antara Pengurus Yayasan Perguruan Tinggi Kristen (YPTK) Petra, Dewan Penyantun, dan Pimpinan Universitas Kristen Petra.

Semuanya semata-mata karena rasa cinta yang begitu besar terhadap Universitas Kristen Petra, sehingga semua pihak yang terlibat di dalamnya mau bekerja keras, bergandengan tangan, saling membantu demi mencapai perkembangan yang baik.

Gereja Pendukung
Pengurus yayasan yang dibentuk, beberapa waktu kemudian dilengkapi dengan wakil-wakil PPPK Petra, para utusan dari gereja-gereja pendukung dan tokoh Kristen. Sejak itu YPTK Petra didukung oleh 7 (tujuh) gereja di Surabaya, yaitu :

  • Gereja Kristen Indonesia (GKI)
  • Gereja Gereformeed Surabaya (GGS)
  • Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat (GPIB)
  • Gereja Kristen Jawi Wetan (GKJW)
  • Gereja Pantekosta Pusat Surabaya (GPPS)
  • Gereja Bethel Injil Sepenuh (GBIS)
  • Huria Kristen Batak Protestan (HKBP)

Setelah Gereja Gereformeed Surabaya diubah menjadi Gereja Kristen Indonesia pada tahun 1991, sejak saat itu YPTK Petra didukung oleh 6 (enam) gereja di Surabaya. Dalam perkembangannya Dewan Pengurus YPTK Petra didukung oleh Dewan Penyantun. Sedangkan nama-nama pejabat Rektor UK Petra mulai awal berdiri berturutturut sampai dengan saat ini adalah

  • Drg. Tan Tjiauw Yong (1962 – 1966)
  • Letkol (Tituler) Pdt. J.W. Pourawouw (1966)
  • Prof. Dr. J.E. Sahetapy, S.H., M.A. (1966 – 1969)
  • Ir. O.F. Patty (1969 – 1984)
  • Dr. Ir. Widoyo Totosucipto (1984 – 1988)
  • Drs. Wasis Sastroredjo (1988 – 1997)
  • Prof. Dr. Aris Pongtuluran, dr., MPH (1997 – 2001)
  • Dr. Ir. Takim Andriono, M.E. (2001)
  • Ir. Paulus Nugraha, M.Eng., M.Sc. (2001 – 2009)
  • Prof. Ir. Rolly Intan, M.A.Sc., Dr.Eng. (2009-sekarang)